Wie Picross DS gespeeld heeft, zal het niet kunnen ontkennen. Het puzzelspel was ontzettend verslavend. De opzet was nochtans eenvoudig: je keek neer op een veld met blokjes en als je de juiste blokjes weg deed, kwam er een tekening tevoorschijn. Om je daarbij te helpen, gaven de cijfertjes aan de randen van het veld aan hoeveel blokjes er in een rij of kolom mochten blijven staan. Picross 3D gaat op hetzelfde idee verder, maar dan zoals de naam al zegt in drie dimensies.
Concreet betekent dit dat je een groot blok voor je krijgt en je als een beeldhouwer een voorwerp moet tevoorschijn toveren, opnieuw door de juiste blokjes weg te doen. Het 3D-aspect verandert uiteraard de manier van spelen. Om je op het goede pad te helpen, staan er nu hier en daar cijfertjes op de buitenste blokken. Een 6 op een rijtje van 6 blokken, wil zeggen dat je deze hele rij mag inkleuren. Deze blokken maken immers zeker deel uit van de te onthullen figuur en door ze te kleuren kan je ze niet per ongeluk wegtikken. Blokjes kleuren of wegtikken doe je simpelweg door respectievelijk rechts of omhoog te drukken op het D-pad terwijl je op een blokje tikt met je stylus.